Quelle rémunération en congé maladie pour les titulaires et contractuel·les ?

Le maintien de salaire dépend du type de congé maladie dans lequel est placé·e l’agent·e.

Le Supplément Familial de Traitement (SFT) et l’Indemnité de Résidence (IR) sont toujours maintenus en totalité, quel que soit le type de congé ou la baisse de traitement de base.

Le jour de carence : sauf exception (comme un accident du travail ou une grossesse), le premier jour d’arrêt maladie pour un congé de maladie ordinaire n’est jamais rémunéré.

Voici comment évolue la paie selon la situation :

Type de congé	Durée maximale	Maintien du traitement de base	Maintien des primes et indemnités
Congé de Maladie Ordinaire (CMO)	1 an	90 % pendant 3 mois, puis 50 % les 9 mois suivants*	Maintenues, mais suivent la baisse du traitement (au prorata)
Congé de Longue Maladie (CLM)	3 ans	100 % pendant 1 an, puis 60 % les 2 années suivantes	33 % la 1re année, puis 60 % les 2 suivantes
Congé de Longue Durée (CLD)	5 ans	100 % pendant 3 ans, puis 50 % les 2 années suivantes	Suspendues (hors SFT et IR)
CITIS (Accident de service / Maladie pro)	Jusqu’à guérison	100 % pendant toute la durée	Maintenues en totalité
DORS (Disponibilité d’Office pour Raison de Santé)	3 ans en ALD	Indemnité journalière (traitement indiciaire + indemnité de résidence ≤ 42,97 € + SFT si éligible), soumise à CSG (6,2 %) et CRDS (0,5 %)

* Note : Le passage à 90 % pour les trois premiers mois de CMO est une nouveauté appliquée depuis mars 2025 (auparavant, le maintien était de 100 %). Les droits s’apprécient sur un période de 12 mois glissant (ce n’est pas par année civile)

Être en arrêt maladie ne fait pas perdre tous les droits au repos, mais la mécanique diffère totalement entre les congés annuels et les RTT.

L’agent·e continue d’acquérir des congés annuels pendant les arrêts maladie. Si l’état de santé empêche de poser ses vacances avant la fin de l’année, les congés ne sont pas perdus.

À la suite d’une mise en conformité récente avec le droit européen (via un décret de juin 2025), le report automatique des congés non pris obéit à ces règles :

• Report jusqu’à 4 semaines (soit 20 jours) de congés non pris maximum par an.
• Il y a alors 15 mois pour les poser, à compter de la date de reprise du travail.

Contrairement aux congés annuels, les jours de RTT sont une compensation pour des heures effectivement travaillées au-delà des 35 heures hebdomadaires.

• Par conséquent, tout jour d’absence pour maladie réduit proportionnellement le nombre de RTT à acquérir dans l’année.
• Ainsi, si un jour de RTT est posé et que l’agent·e tombe malade spécifiquement ce jour-là, la RTT n’est généralement pas reportée ni récupérable, car l’absence prime sur le repos.

Pour un·e fonctionnaire titulaire, la situation à la fin des droits à congé maladie (CMO, CLM ou CLD) est sensiblement différente de celle d’un·e contractuel·le : un·e titulaire ne peut pas être licencié·e pour inaptitude physique.

C’est le statut de la fonction publique qui s’applique. L’orientation de l’agent·e dépend alors de l’avis du Conseil médical, selon quatre grandes situations :

L’agent réintègre son poste ou un emploi correspondant à son grade.

• Visite de reprise : Si l’arrêt a duré 12 mois consécutifs en CMO, ou à la fin d’un CLM / CLD, la reprise est obligatoirement soumise à l’avis favorable du Conseil médical.
• Modalités : La reprise peut se faire à temps plein ou dans le cadre d’un Temps Partiel pour raison Thérapeutique (TPT).

Si l’agent·e ne peut pas reprendre immédiatement mais que le Conseil médical estime que son état de santé peut encore évoluer favorablement, elle ou il est placé·e en Disponibilité d’office pour raison de santé (DORS).

• Durée : Accordée par périodes de 1 an maximum, dans la limite de 3 ans au total (prolongeable exceptionnellement d’une 4ᵉ année si le médecin prévoit une reprise à terme).
• Rémunération : L’agent·e perçoit une indemnité forfaitaire d’attente (équivalente à son demi-traitement de fin de congé).

Si l’agent·e ne peut plus exercer ses fonctions actuelles, mais reste capable de travailler sur d’autres métiers, l’administration active un dispositif de reconversion :

• La Période de Préparation au Reclassement (PPR) : L’agent·e peut bénéficier d’une PPR d’une durée allant jusqu’à 1 an. Pendant cette phase, elle ou il conserve 100 % de son traitement et suit des formations ou des stages pour se préparer à un nouveau métier.
• Le Reclassement : L’agent·e est ensuite reclassé·e dans un autre corps ou un autre emploi compatible avec sa santé (par voie de détachement ou d’intégration directe).

Si le Conseil médical constate une inaptitude totale et définitive à l’exercice de tout emploi dans la fonction publique, l’agent·e est admis·e à la retraite pour invalidité.

• Sans condition d’âge ni d’ancienneté : Cette mesure s’applique quel que soit l’âge de l’agent·e et le nombre de trimestres cotisés.
• Pension : L’agent·e perçoit une pension d’invalidité servie par le service des retraites de l’État (SRE), calculée selon son grade, sa durée de service et son taux d’invalidité.

Pour un agent·e contractuel·le de droit public dans la Fonction Publique de l’État (FPE), la logique est similaire à celle des titulaires, mais avec une différence majeure : les droits au maintien de salaire dépendent directement de l’ancienneté.

De plus, si l’agent·e est rattaché·e au régime général de la Sécurité Sociale (CPAM), alors l’administration complète les Indemnités Journalières (IJSS) de la Sécurité Sociale pour atteindre le montant auquel il a droit (via le mécanisme de subrogation ou par déduction).

Contrairement aux titulaires qui bénéficient de droits fixes dès leur titularisation, les droits à maintien de salaire s’ouvrent par paliers selon le temps de service accumulé.

• L’État applique 1 jour de carence (pas de rémunération par l’employeur le 1er jour).
• La CPAM applique quant à elle 3 jours de carence sur les IJSS. Si l’agent·e a l’ancienneté requise, son administration prend en charge le maintien de salaire prévu dès le 2ᵉ jour (elle couvre le délai de la CPAM).

Le maintien de traitement (hors primes) dépend de l’ancienneté de service :

Ancienneté dans la FPE	Maintien à 90 % *	Maintien à 50 %	Durée totale couverte
Moins de 4 mois	Aucun (0 mois)	Aucun (0 mois)	Seules les IJSS de la CPAM (si droit ouvert)
Entre 4 mois et 2 ans	1 mois	1 mois	2 mois
Entre 2 ans et 3 ans	2 mois	2 mois	4 mois
Plus de 3 ans	3 mois	3 mois	6 mois

* Les règles d’indemnisation ont été ajustées (maintien à 90 % au lieu de 100 % durant la première période)

Pour le régime indemnitaire (primes), s’il est accordé par le contrat ou le ministère, il suit la même baisse dégressive que le traitement de base pendant le CMO. Le SFT (Supplément Familial de Traitement) et l’Indemnité de Résidence restent maintenus à 100 %.

• Congé de Grave Maladie (CGM) : C’est l’équivalent du CLM des titulaires.
  • Condition : Justifier d’au moins 3 ans de service.
  • Durée & Paie : Jusqu’à 3 ans au total — 100 % du traitement pendant 1 an, puis 60 % les 2 années suivantes (déduction faite des IJSS).
  • Primes : Maintenues à hauteur de 33 % la 1re année, puis 60 % les deux suivantes.
• Accident du travail / Maladie professionnelle :
  • L’agent·e bénéficie d’un congé spécifique pris en charge pendant toute la période d’incapacité.
  • Le maintien de salaire est garanti à 100 % (dès lors que l’agent·e justifie de 4 mois de service) jusqu’à la guérison ou la consolidation.

Les règles de gestion des jours de repos pendant un arrêt maladie sont strictement alignées sur celles des agents titulaires

• Congés Annuels (CA) : l’agent·e continue d’acquérir des congés annuels pendant les périodes d’arrêt maladie. S’il n’a pas pu les poser en raison de son arrêt, ils ne sont pas perdus : il peut reporter jusqu’à 20 jours (4 semaines) sur une période de 15 mois à compter de la date de reprise.
• RTT : Les RTT compensent le temps de travail effectif réalisé au-delà de la durée légale de 35h. Par conséquent, chaque période d’arrêt maladie réduit automatiquement le quota de RTT générés sur l’année.

Lorsqu’un·e agent·e contractuel·le de la Fonction Publique de l’État (FPE) arrive au terme de ses droits à congé maladie rémunéré (Congé de Maladie Ordinaire ou Congé de Grave Maladie), le versement de sa rémunération par l’administration cesse.

Sa situation administrative bascule alors dans l’un des trois scénarios suivants, évalués médicalement par un médecin agréé ou le Conseil médical :

S’il est médicalement apte, il réintègre son poste ou un emploi équivalent.

• Si la durée de l’arrêt a été supérieure à un an, l’agent doit impérativement faire sa demande de réemploi par lettre recommandée au moins 1 mois avant la fin du congé.
• Attention : Si cette demande n’est pas faite dans les temps, l’agent·e est considéré·e comme démissionnaire.

Si l’agent·e ne peut pas encore reprendre son travail mais que sa guérison est envisagée à terme, il ne peut pas être licencié·e immédiatement.

• Elle ou il est placé·e en congé sans rémunération pour une durée maximale de 1 an (prolongeable de 6 mois si un avis médical indique qu’elle ou il pourra reprendre à l’issue).
• Ressources : L’agent·e ne touche plus de traitement de l’État. Elle ou il peut toutefois continuer à percevoir les indemnités journalières de la CPAM (si ses droits auprès du régime général ne sont pas épuisés) ou faire une demande de pension d’invalidité auprès de la Sécurité sociale.

Si l’agent·e est déclaré·e définitivement inapte à exercer ses fonctions, l’administration est tenue de lancer une procédure d’accompagnement :

1. La recherche de reclassement : L’administration doit obligatoirement chercher à reclasser l’agent·e sur un autre emploi compatible avec son état de santé (après avis du médecin du travail).
2. La période de préavis / congé sans traitement : Si l’agent·e demande un reclassement, elle ou il peut être placé·e en congé sans traitement pour une durée maximale de 3 mois, le temps d’instruire la recherche de poste.
3. Le licenciement pour inaptitude physique : Si le reclassement est impossible, si aucun poste n’est disponible ou si l’agent·e refuse les propositions de reclassement, l’administration prononce son licenciement.

En cas de licenciement pour inaptitude physique, l’agent·e contractuel·le a droit à une indemnité de licenciement (calculée sur la base de sa dernière rémunération à plein traitement) ainsi qu’à l’allocation chômage (ARE), sous réserve de remplir les conditions d’attribution auprès de France Travail.

Situation	Agent·e Contractuel·le	Agent·e Titulaire
Inaptitude temporaire	Congé sans traitement (1 à 1,5 an)	Disponibilité d’office pour raison de santé (3 à 4 ans)
Inaptitude définitive au poste	Recherche de reclassement puis licenciement	PPR (1 an à 100 % de traitement) puis reclassement
Inaptitude totale	Licenciement pour inaptitude + allocations chômage	Admission à la retraite pour invalidité

La reprise du travail sous la forme d’un Temps Partiel pour raison Thérapeutique (TPT) est un aménagement très encadré.

Depuis les simplifications réglementaires récentes, il n’est plus obligatoire d’avoir été arrêté·e au préalable pour demander un TPT : un·e agent·e peut aussi solliciter un TPT directement pour prévenir une dégradation de sa santé.

Voici les étapes à suivre pour mettre en place un TPT dans la Fonction Publique de l’État (titulaire ou contractuel·le).

Consultez votre médecin traitant (ou spécialiste). S’il estime que le TPT est adapté, il remplit une demande (ou un certificat médical) précisant :

• La quotité de travail souhaitée (50 %, 60 %, 70 %, 80 % ou 90 %)
• La durée sollicitée (fixée par périodes de 1 à 3 mois, dans la limite cumulée d’un an)

A Transmettre au service des Ressources Humaines :

• La demande formelle d’autorisation de TPT
• Le certificat médical du médecin

(Pour les contractuel·les de droit public : vous devez également adresser le volet médical à votre CPAM pour accord d’indemnisation).

• Pour la période initiale (jusqu’à 3 mois) : L’administration accepte généralement la demande directement sur avis du médecin.
• Pour prolonger au-delà de 3 mois : L’administration fera passer obligatoirement une visite de contrôle devant un médecin agréé. En cas de désaccord entre votre médecin et le médecin agréé, le Conseil médical est saisi pour trancher.

Une fois le dossier validé, l’administration prend un arrêté d’autorisation de service à temps partiel pour raison thérapeutique.

Parallèlement, le médecin du travail (ou médecin de prévention) est informé. Il peut vous convoquer pour proposer des aménagements matériels de votre poste.

• Rémunération garantie : Pendant toute la durée du TPT, l’agent·e perçoit 100 % du traitement indiciaire de base, du Supplément Familial de Traitement (SFT) et de l’Indemnité de Résidence. Les primes liées aux fonctions sont également conservées en totalité.

• Congés annuels et RTT : Les droits à congés annuels restent identiques à ceux d’un·e agent·e travaillant à temps plein. En revanche, les jours de RTT sont recalculés à due proportion de la quotité de temps travaillé.
• Fin ou prolongation : Le TPT peut être accordé jusqu’à 1 an maximum au total. Si l’agent·e souhaite le prolonger au-delà des 3 premiers mois, il lui faut penser à relancer les démarches avec son médecin au moins 1 mois avant l’échéance de la période en cours.